- mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree A
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                            Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                        
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                             
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                 
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                   
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                 
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                           
          L3  A769G  A1018G  C16311T                           
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                     
              R  T12705C  T16223C                         
                R0  G73A  A11719G                       
                  HV  T14766C                       
                    H  G2706A  T7028C                   
                      H2  G1438A                   
                        H2a  G4769A                 
                          H2a2  G750A               
                            H2a2a  G8860A  G15326A           
                              H2a2a1  G263A            rCRS
              A  A235G  A663G  A1736G  T4248C  A4824G  C8794T  C16290T  G16319A                 
                   T152C!                          AY255144
                     T16362C                        AP013225
                    A1  G1442A                      AP010699
                      A1a  G9713A  T16249C                  EF153833 AP008617
                        A1a1  T4928C                  EF153799 EU597529
                    A2  T146C!  C152T!!  A153G  G8027A  G12007A  C16111T              DQ282395 HG01187
                      A2a  C3330T  C16192T                  EU007844 EU482342
                        A2a1  C16261T                  EU095547 EU007884
                        A2a2  C9301T                  EU007847 EU482349
                        A2a3  T16311C!                  EU007886 EU725611
                        A2a4  G5460A  T16093C                KC711001 KC711007
                        A2a5  T3552C  T12166C  A16233G  A16331G  C16362T!          EU095526 KC711017
                      A2b  T11365C                    EU095533
                        A2b1  A16265G                  EU725607 EU007894
                         (C64T)                    EU095538 DQ282394
                        A2c  T12468C  G14364A                HQ012111 KC257400
                        A2d  C6308T                  HQ012117 HQ012050
                          A2d1  8281-8289d  A11314G              HQ012083 HQ012061
                            A2d1a  T8548C  G16274A            DQ282433 DQ282432
                          A2d2  T5081C                DQ282422 DQ282388
                          A2e  C7112T  G13708A  T16189C!  G16336A          EF657275 EF657536
                          A2ao  C9650T                HQ012105
                            A2ao1  T3394C  C16264T            HQ012100 JQ702177
                        A2f  G12940A                 
                          A2f1  T2638C  G3316A  G7897A  T15670C  (C16192T)        EF657254
                            A2f1a  T1809C  C12092a  C14911T          FJ705809 FJ775667
                          A2f2  C146T!!  G676A  T16357C            HQ012110 HQ012126
                          A2f3  C151T  G5585A  A9156G  G11914A!  C14275T  G15323A        HQ012095 HQ012087
                        A2g  A7724t  G16391A                DQ282392 HQ012128
                          A2g1  A4970G  C13855T              DQ282391 HQ012076
                        A2h  G16526A                  EU095545 EU095202
                          A2h1  G1598A  G1888A  T12811C  A16335G          HQ012079 JQ705534
                        A2i  G94A  960.XC  3307.1A  T3308C  C5165T  T6620C  A14280G  T14470C  C15386T  T16325C    EU431080 GQ377757
                        A2j  T10595C  A11548G                JQ705434 HQ012127
                          A2j1  A11314G                DQ282398 DQ282393
                        A2k  T3202C                  DQ282417
                          A2k1  A15924G                EU095552
                            A2k1a  A8460G              DQ282390 HG01097
                           T16111C!                  DQ282411 HQ012054
                          A2l  T15629C                DQ282409 HQ012133
                          A2m  C8947T  G9039A  G15172A  A16240G          HQ012131 HQ012062
                          A2n  G3849A  C9344T  A10700G            EU431082 FJ713602
                          A2o  A3972G                HQ012114 DQ282419
                          A2ai  T5494g  A11248G  G16213A            HQ012107 NA19770
                          A2aj  G1442A  T1738C  A5378G  G10373A  C16270T          HQ012056 NA19777
                          A2p  C10199T                HQ012065 HQ012116
                            A2p1  G5585A  T6488C  A8537G          HQ012088 HQ012067
                            A2p2  G3591A  C14791T  (T16178g)  (T16209C)  (G16274A)      KC257370 EF657488
                          A2am  T6253C  T15229C  G15314A            DQ282403 HG01047
                        A2q  T16209C                  JQ705973 EU431081
                          A2q1  G7604A  T7861C              HQ012132 JQ705557
                        A2t  T2071C  G9053A  A11404G  A15236G            HQ012052 HQ012086
                        A2u  T16136C                 
                          A2u1  C12906T  C16257T  C16344T            HQ012073 HQ012057
                          A2u2  C16260T                HQ012066 HQ012053
                        A2v  C16239T                  HG01342
                          A2v1  C6491a                AY195786
                               T152C!!!              HQ012109 JQ702093
                              A2v1a  A7403G            HQ012085 HM589049
                              A2v1b  C16234T            JQ705501 JQ702765
                        A2w  A7124G  G11016A                HG01375 HG01356
                          A2w1  573.XC  C16187T!              JQ703875 JN100648
                        A2x  G9055A  A15924G                HQ012071 JN419250
                        A2y  A189G  G207A  T5093C  G5910A  T6641C  A16293G  T16304C        GQ398480 GQ398487
                        A2aa  C16239a  C16266T                EU095196 EU095201
                        A2ab  T6216C  G14476A  C16291T              JX887155 JQ702592
                        A2ac  A9377G  T15074C  G16213A              EU095529
                          A2ac1  G9055A  A9473c  A14687G            JQ702324 HG01440
                        A2ad  C8471T  A16175G  A16300G              EF079873
                          A2ad1  A5298G  G12372A  T14798C  G15734A  T16111C!        JQ965968 JQ965967
                          A2ad2  G6182A  G10993A              JQ965970 JQ965969
                        A2ae  T152C!!!  A487G  A3565G  (A16284G)            JQ704276 JQ705314
                        A2af  G73A  106-111d  G5460A  C16360T           
                          A2af1  A6794G  A7960G             
                            A2af1a  T89C              JQ965977 JQ965978
                              A2af1a1  C198T            JQ965972 JQ965975
                              A2af1a2  G499A  C2762a  A16175t        JQ965979 JQ965980
                            A2af1b  T11482C              JQ965986 JQ965988
                              A2af1b1  A3840G  C10343T  G12771A        JQ965983
                                A2af1b1a  A200G  G9053A  T13443C  A15847t  T16111C!    JQ965981 JQ965982
                                A2af1b1b  C16168T  T16209C        JQ965984 JQ965985
                              A2af1b2  G92A  93.1T  A5460G!  G7269A  G8152A  T9944C  G13359A  HQ012106 HQ012104
                          A2af2  G97c  T204C  A211G  A8563G  A10344G  C14211T  T16189C!      JQ965971
                        A2ag  T195C!  T9653C                KC998702 KC998703
                        A2ah  T16097C  A16098G                KC503930 KC503929
                        A2ak  T8654C  C9668T  T15458C  A16466c            JQ701855 NA19663
                        A2al  C3516T  T11152C  T16126C              HG01492 JQ701976
                        A2an  T8772C                  JQ705746 EU597486
                           T16189C!                  JQ435789
                          A2ap  A9809G                HQ012115 HM569227
                        A2aq  G143A  C808T  G3421A  G6267A  T6374C  C16355T          KC998705 KC998706
                      A2r  C6935T                    HQ012092 DQ282401
                        A2r1  G103A  C9518T                HQ012063 JQ702393
                      A2s  T466C  A3145G  T3766C  G7269A  T8552C  T11809C  C12346T  A16207G  T16311C!  C16400T    HQ012070
                      A2z  T152C!!!  A214G  C2836T  A3744G  T6632C  C16083T  C16256T          DQ282425 DQ282424
                    A6  T654C  C3687T  C13287T                 
                      A6a  A4257G                    AY963575 AY255166
                      A6b  T146C!  T6707C  A8531G  G10993A  T15670C              FJ748705 KF056300
                      A12  A12720G  T14290C                  EF153771
                        A12a  G1709A  A9754G  G16039A  T16356C            EF397560 AY519488
                      A23  G97t  105-110d  C150T  A3213G  A5153G  C6101T  C6602T            EF153794 KC911275
                       A200G                      HM036549 EF153819
                      A13  T3504C                    EF114282 GU392075
                      A14  C151T  A735G                  EF153775 NA18697
                    A15  (G207A)  G263A  A8459G  C14067T               
                      A15a  A11084G                    NA18773 JF824996
                      A15b  C3408T  C8409T  C16234T                AP010832 JN580301
                      A15c  T15262C                    JF824895
                        A15c1  T4216C  A9052G  T13111C  A15924G            KF056313 KF056304
                    A16  C298a  G2706A  G6023A  A11557G  C14929T  C16292a              EF153780 HM852848
                    A17  G4113A  A5514G  T9126C  G15217A                NA18572 HM036566
                    A18  T11465C                      HG00634 NA18615
                    A19  T199C  C15436T  T16311C!                  GU377085 NA18621
                    A20  A14696G                      AP010675 NA18164
                    A21  G14364A                      KF056302 GQ895144
                    A22  T6378C  C8393T  G9123A  T9128C                  JF824891 NA17967
                    A24  T449C  A9524G  G15172A                  EF397559 NA18791
                    A25  C16179T                      AP008459 KF148411
                    A26  G4924A  T9716a  T11809C  C13650T  T13752C  T14968C  T16144C            JX153385 JX152799
                  A3  T2857C  A8962G  C9711T                    AP013217 AP010833
                    A3a  A13140G                      AP013268 AP008741
                  A7  T146C!  A8413G  G10172A  C15379T  A16051G  G16129A!  T16189C!              AP008307 AP010709
                  A9  C6950T  A7228G  G8340A  A10700G  A15874G                 
                  A11  C9650T  A16293c                     
                    A11a  T1005C  5899.XC  G6755A  T8843C                GU014565 GQ895149
                       C16234T                      GQ895164
                      A11b  T3290C  C16527T                  EU597494 FJ748714
                A5  A8563G  C11536T                       
                  A5a  2156.1A  G4655A  C11647T  C16187T!                  AP008265 AP008743
                    A5a1  C14944T                     
                      A5a1a  G10801A                    AP009468 AP008914
                        A5a1a1  G5773A  T12880C                DQ272123 AP008433
                          A5a1a1a  A13221G                AP010701 AP008290
                          A5a1a1b  T4736C                AP008532 AP010976
                        A5a1a2  C8628T                  AP011037 AP011026
                          A5a1a2a  T6956C                AP008538 AP008596
                      A5a1b  A16160G                    AP008853 AP008562
                    A5a2  T13461C                      AP011038 AP008340
                    A5a3  A12909G                      NA18997
                      A5a3a  T15341C                    AP013109 AP008835
                    A5a4  G10325A                      AP013122 AP009452
                    A5a5  C7694T                      AP013288 EF153824
                  A5b  T961C  965.XC                      JF824862
                    A5b1  G1709A  T16126C  A16235G                  GQ999962 NA18611
                      A5b1a  C10637T                    AP008364 AP010989
                      A5b1b  C16234T                    JF824875 HG00557
                      A5b1c  T8260C                    NA17987
                        A5b1c1  T152C!  G5054c  A15442G              KF540620 KF540659
                  A5c  T152C!  G16129A!  G16213A                    EF153816 AP013209
                    A5c1  C12816T                      AP008874 AP013220
                A8  C16242T                          EU482363
                  A8a  C64T  T146C!                      AY519486
                    A8a1  T152C!  G6962A  G8865A  A12777G                EF153797 JX266267
                A10  T5393C  C7468T  G9948A  C10094T  A16227c  T16311C!                  HM569228 GU122995