- mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree L2
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                                  Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                              
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                                   
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                       
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                         
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                       
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                                 
          L3  A769G  A1018G  C16311T                                 
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                           
              R  T12705C  T16223C                               
                R0  G73A  A11719G                             
                  HV  T14766C                             
                    H  G2706A  T7028C                         
                      H2  G1438A                         
                        H2a  G4769A                       
                          H2a2  G750A                     
                            H2a2a  G8860A  G15326A                 
                              H2a2a1  G263A                  rCRS
      L2  T146C!  C150T  T152C!  T2416C  G8206A  A9221G  T10115C  G13590A  C16311T  G16390A                           
        L2a'b'c'd  T195C!  T11944C                                     
          L2a  T150C!  T7175C                                   
            L2a1'2'3'4  C2789T  C7274T  A7771G  G11914A!  A13803G  A14566G  C16294T                         
              L2a1  T182C!  A12693G  T15784C  A16309G                           
                L2a1a  G3918A  A5285G  A15244G  T15629C                          DQ304928 EU092916
                  L2a1a1  T6152C  C15391T  T16368C                          NA19266 DQ304933
                  L2a1a2  C16286T                              JN214449 DQ304968
                    L2a1a2a  T10454C                            DQ304975
                      L2a1a2a1  C15211T                          NA20287 JQ044968
                        L2a1a2a1a  A15421G                        NA19117 DQ304976
                    L2a1a2b  T3336C                            DQ304972 JQ045095
                    L2a1a2c  T5492C  C8841T  A13615G                        HQ425645 DQ304927
                  L2a1a3  G143A  (T16093C)                            EU092711
                    L2a1a3a  T9165C                            EU092890 EU092905
                    L2a1a3b  G3316A                            DQ304948 JQ044819
                    L2a1a3c  C9449T  C16256T                          HM771168 JQ045101
                   T16189C!  (C16192T)                              EU092806
                  L2a1b  G10143A                              EU092761
                    L2a1b1  C15735T                            NA19129
                      L2a1b1a  T5090C  C16290T                        EU092690 JX303858
                    L2a1b2  A8116G                            JQ044975 JQ044841
                       G143A                            NA19625
                      L2a1b3  G207A  T1189C                        NA18856 JQ044837
                  L2a1f  A5581G                              DQ304959 NA19125
                    L2a1f1  A731G                            DQ304961 DQ304955
                      L2a1f1a  A7394G                          DQ304958 DQ304934
                    L2a1f2  C11692T                            DQ112698 DQ304957
                    L2a1f3  C198T                            KC533500 JQ044861
                  L2a1g  A8014G  C14281T  T16131C  C16225T  C16234T                      KC533472 JX303906
                  L2a1c  G3010A  A6663G                            EU092733 HM771224
                       T16086C                            JQ044973
                      L2a1c1  C198T  G930A  T3308C  T8604C                      FJ460560
                        L2a1c1a  C6311T                       
                          L2a1c1a1  T3338C                      JQ705046 NA18868
                          L2a1c1a2  C6164T                      JQ412577 EU092954
                      L2a1c6  A189G  A4164G  C10954T  C16169T                    JN214436 JQ702659
                    L2a1c2  C10903T  A15924G  G16213A                        JQ045108 JQ045024
                      L2a1c2a  G513A  C16193T  C16239T                      HM771169 JQ045025
                    L2a1c3  G9932A                           
                      L2a1c3a  C7858T                          EU092663 EU200762
                        L2a1c3a1  C198T  A5843G  T15115C  C16290T                  JQ705145 NA19923
                      L2a1c3b  G16309A!  C16355T                        JQ044996
                        L2a1c3b1  T10410C                        JQ045110 EU092720
                        L2a1c3b2  T9854C  G14384A  A14965G  T16311C!                  NA19096 JQ045063
                    L2a1c4  A12172G                            JN214432
                      L2a1c4a  T12354C                          DQ304942 FJ460549
                        L2a1c4a1  G5252A                        DQ304951 NA18912
                       G16129A!                            JN858955
                      L2a1c5  T13260C                          NA18908 HM771225
                    L2a1d  C182T!!  T5196C  T9530C  T11386C  A12612G  C13934T                   
                      L2a1d1  G12007A  A13395G  T16209C  C16301T  C16354T                  EU092765 EU092939
                      L2a1d2  C9356T                          JX303838 JN858956
                    L2a1h  A3505G  T4772C  C12976T                        EU092676 EU092914
                  L2a1e  C3495a  G8790A  G12630A                          DQ304945
                    L2a1e1  A143G!  G8541A  A14599G                        DQ304930 NA19116
                     T16189C!  (C16192T)                            FJ460527 HQ384198
                       G16309A!                            EU092793
                      L2a1i  T15229C  T16362C                        JQ044958 JQ044905
                        L2a1i1  C6164T  C10920T                      JX303853 EF657335
                      L2a1q  T2746C  A13917G  C16245T                      JX303870 NA19381
                    L2a1j  G8764A  A14464G                          EU092756 EU092816
                    L2a1k  G6722A  T12903C  C16218T                        EU200763 EU200760
                    L2a1l  C534T                           
                      L2a1l1  T12408C                          JQ044956
                        L2a1l1a  T5580C                        EU092807
                          L2a1l1a1  C11059T                      EU092812 JQ044817
                          L2a1l1a2  T3345C                      KF952774 JQ044897
                        L2a1l1b  A15880G                        NA20332 JQ044955
                      L2a1l2  C5366a                          EU092721
                        L2a1l2a  A143G!  T14180C                      JX266264 JQ705185
                          L2a1l2a1  C3573a                      JX266265 JQ705589
                      L2a1l3  G14905A  T16357C                        JX021728 NA18487
                    L2a1m  A13884G                            JQ045040
                      L2a1m1  8281-8289d                        DQ304940
                        L2a1m1a  C8553T                        JQ701914 DQ304938
                    L2a1n  A4317d  G5147A                          DQ304941 NA18519
                    L2a1o  T12438C                            JQ045000 EU092739
                    L2a1p  A9410G  T13818C  C15626T                        EU092671 JQ044822
              L2a2'3'4  C146T!!  A6752G  T16189C!  T16229C  T16311C!                           
                L2a2'3  G709A  C15939T  C16291T                           
                  L2a2  G9932A                             
                    L2a2a  T9083C  G9438A  G15803A                        EU092896
                      L2a2a1  C8727T                          EU092902 HM771205
                    L2a2b  C195T!!  C11767T  A14118G                       
                      L2a2b1  A13827G                          NA19443
                        L2a2b1a  T182C!  G7664A  A8721G  A13068G  T16172C                  HM771208 HM771192
                      L2a2b2  A235G  G6383A  T9077C                      HM771191 HM771207
                  L2a3  C195T!!  A257G  T9797C  T14894C  T16086C  A16215G                      HM771206
                L2a4  G513A  T593a  G9438A  C13125T  A16170G                         
                  L2a4a  573.XC  G5147A  C6959T  G7897A  T8614C  C12480T  G15812A                    HM771212 HM771196
                  L2a4b  C195T!!  C2780T  G3834A  T4703C  A12612G  C16264T                      NA19393 NA19376
            L2a5  C195T!!  T2626C  C3654T  C5263T  A6040c  T6497C  T12879C  A14890G  T16224C                        NA19045 HQ384199
          L2b'c'd  C2332T                                     
            L2b'c  C198T  G1442A  T7624a  G12236A  G15110A  G15217A                           
              L2b  T204C  C1706T  A2358G  A4158G  T4370C  A4767G  C5027T  C5331a  T5814C  C6713T  C8080T  G8387A  A12948G  A14059G  C16114a  G16129A!  G16213A         
                L2b1  C418T  G6026A  T10828C  C13924T  T16362C                          EU092747 EU092766
                  L2b1a  C146T!!  C16355T                            JQ044854
                    L2b1a2  A7569G                            EU092722 JQ044890
                    L2b1a3  G8856A                            DQ304978 JX303882
                    L2b1a4  G12406A                            JN214453
                  L2b1b  A385G  A6629G                            FJ228403 JQ044800
                L2b2  T6614C  A6806G  T8503C                            EU092692
                  L2b2a  G709A  G8790A  A9350G  A13966G  C14407T  C16354T                      KC533513 JX303841
                L2b3  15944.1T                               
                  L2b3a  C4185T  G5744A  A8925G  G14544A  A15236G  G15326A                      JQ702626 JQ702123
                  L2b3b  T2626C                              EU092734 JN214443
                  L2b3c  T12011C                              EU092661 NA19247
              L2c  A93G  C325T  T680C  G709A  T3200a  G13928c  G13958c  C15849T                        JQ044941 EU092723
                L2c1  A16318G                                JQ044858
                  L2c1a  G93A!  T5201C                            EU092813 JQ044887
                L2c2  T1040C  C16264T                              NA19229 EU092697
                  L2c2a  G15043A                              DQ304988 EU092955
                    L2c2a1  C869T  A5823G  T13184C                        JQ704740 JX303792
                  L2c2b  A183G                             
                    L2c2b1  T8772C  T15313C                         
                      L2c2b1a  G1888A  C15574T                        NA18517 JQ704094
                      L2c2b1b  T8567C  A9063G  T10790C  T16311C!                    KC533455 EU092710
                    L2c2b2  T9758C                            JQ044878 JQ044853
                L2c3  G513A                                JQ705626 JQ044810
                  L2c3a  C5255T  T8733C                            AF346995 JQ045104
                L2c4  C13440T                                JQ044914 DQ112735
                L2c5  G4596A                                AY195785 NA19835
            L2d  C152T!!  T182C!  C456T  C870T  T2159C  C3254a  A3434G  G3693A  C6231T  G9554A  A9941G  C10955T  T11353C  C14845T  G15777c  T16189C!  T16223C  A16300G  C16354T  A16399G      JQ045050
                 G16129A!                                  JQ045069 EU092817
                L2d1  A10700G                                JQ044948
                  L2d1a  G8856A  C15263T  T15458C  A15703G                        EU092794 JQ045011
        L2e  A479G  G719A  G1211A  A3537G  A4562G  A5069t  T6014C  T8383C  A9377G  C9971T  T11935C  T12189C  G13708A  T14299C  T15697C  G15734A  T15889C  C16111a  G16145A  C16184T  C16239T  C16292T  C16355T  A16399G  C16400T  EU092724 DQ112709
          L2e1  C954T                                      JQ044816
            L2e1a  G8994A  G11149A  G13194A                                NA19108 FJ460523