- mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree M9
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                            Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                        
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                             
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                 
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                   
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                 
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                           
          L3  A769G  A1018G  C16311T                           
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                     
              R  T12705C  T16223C                         
                R0  G73A  A11719G                       
                  HV  T14766C                       
                    H  G2706A  T7028C                   
                      H2  G1438A                   
                        H2a  G4769A                 
                          H2a2  G750A               
                            H2a2a  G8860A  G15326A           
                              H2a2a1  G263A            rCRS
            M  T489C  C10400T  T14783C  G15043A                       
              M9  G4491A  T16362C                         
                M9a'b  A153G  T3394C                       
                  M9a  T14308C  C16234T                      AP010767 HM346891
                    M9a1  A1041G                      HM346892
                      M9a1a  A16316G                    HM346905 HM346903
                        M9a1a1  A9242G                  HM346912
                          M9a1a1a  G153A!  G11963A              AP008629 AF346972
                          M9a1a1b  A5951G  A9115G  A16300G            AP008378 HM346908
                          M9a1a1c  T7142C  C16291T              HM346913
                            M9a1a1c1  A14417G             
                              M9a1a1c1a  T7861C            JN857063 HM346936
                              M9a1a1c1b  G7697A  T16291C!         
                                M9a1a1c1b1  G153A!  5899.XC        HM346915
                                  M9a1a1c1b1a  T711C        HM346924 KF056287
                                    M9a1a1c1b1a1  T8567C      HM346918 HM036540
                                    M9a1a1c1b1a2  T146C!  G6446A  HM036568 HM346926
                                M9a1a1c1b2  C15839T          FJ383325 FJ383324
                              M9a1a1c1c  A8631G            HM346914 KF849895
                          M9a1a1d  C15175T                HM346910 HM346911
                        M9a1a2  C7256T!  G16145A                FJ748758 HM346902
                        M9a1a3  G15884A  C16248T  A16265c              KF540711 JN857051
                      M9a1b  T152C!  C12362T  A15671G                HM346893
                           C150T                  HM346895 GQ895143
                          M9a1b1  A16158G                FJ748735 FJ383315
                            M9a1b1a  C11872T              FJ383311
                              M9a1b1a1  G8557c  C11623T          FJ383310 FJ383316
                            M9a1b1b  C3522T  A14683G            FJ383327 FJ383326
                            M9a1b1c  T10454C              FJ748743 GQ895140
                          M9a1b2  C10951a                JN857049 HM346898
                    M9a4  G6366A                     
                      M9a4a  T16271C                   
                        M9a4a1  C1120T  5899.XC                EF093554 HM346882
                        M9a4a2  C151T  G1719A                HM346885 HM346884
                      M9a4b  T6815C                    JN857050 HM346886
                    M9a5  A385G  G8155A  C12237T                  HM346889 HM346887
                  M9b  573.XC  T5964C  T6842C  T7609C  G7789A  T12864C  A16051G  T16209C            KF849927 HM346881
                E  T3027C  G3705A  G7598A  C13626T  G16390A                   
                  E1  T13254C  T14577C                      KF540505
                    E1a  T4248C  C10834T                   
                      E1a1  T6620C                    GQ119027 EF093538
                        E1a1a  T14766C                  EF093539
                          E1a1a1  C16291T                KF540515 EF093557
                            E1a1a1a  T8843C              EF185804 GU810007
                            E1a1a1b  T131C  A8577G            KF540805 KF540812
                              E1a1a1b1  C9020T            EF093540 JQ703727
                              E1a1a1b2  C4102a            KF540887 EF093552
                            E1a1a1c  A723t  T9861C            KC993911 KC993907
                        E1a1b  A373G                  HQ700849 EF185812
                          E1a1b1  T6680C                HQ700847 HQ700848
                          E1a1b2  T16324C                EF185805 EF185814
                          E1a1b3  T16223C                FJ428235 EF093548
                          E1a1b4  G16255A                KJ154942 EF061152
                        E1a1c  C6340T                  EF093536 KF540532
                      E1a2  T152C!  C869T  G9192A                FJ428236
                           (C16261T)                EF185795 AP012357
                          E1a2a  A1047G                KJ154697 KJ154788
                            E1a2a1  T4586C              EF061150 EF061148
                            E1a2a2  C16176T              KJ154892 EF061149
                            E1a2a3  T1452C  T7678C  A8158G  G8251A  G11016A        KJ154845 KJ154836
                            E1a2a4  T310C  G4541A            KJ154781 KJ154653
                  E2  T195C!  A8440G  A9080G  A15178G  A16051G  (C16185T)                EF093542
                    E2a  A8730G                      EF093550 HQ700865
                      E2a1  A9254G                    EF093549
                        E2a1a  G3421A  T4454C  T10742C              GU733741 GQ119047
                      E2a2  A9063G                    EF093541 EF185813
                    E2b  T16086C                      EF185816 GU733775
                      E2b1  A16037G                    EF185810 KF541014
                      E2b2  T246C                    EF093537 KF540516