PhyloTree.org - mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree N1
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                                  Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                              
                                                 
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                                   
                                               
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                                       
                                               
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                         
                                               
      L3'4'6  G4104A  A7521G                                       
                                               
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                                 
                                               
          L3  A769G  A1018G  C16311T                                 
                                               
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                           
                                               
              R  T12705C  T16223C                               
                                               
                R0  G73A  A11719G                             
                                               
                  HV  T14766C                             
                                               
                    H  G2706A  T7028C                         
                                               
                      H2  G1438A                         
                                               
                        H2a  G4769A                       
                                               
                          H2a2  G750A                     
                                               
                            H2a2a  G8860A  G15326A                 
                                               
                              H2a2a1  G263A                  rCRS
                                               
              N1'5  G1719A                                 
                                               
                N1  T10238C  G12501A                             
                                               
                  N1a  T204C  A13780G                           
                                               
                    N1a1'2  T199C                           
                                               
                      N1a1  573.XC  A10398G!  G15043A                     
                                               
                        N1a1a  T669C  G2702A  A5315G  A8901G  C16147g  T16172C  C16248T  C16355T            JQ245777
                                               
                             T152C!                      JQ245754
                                                 
                            N1a1a1  T3336C  G16147A                 
                                               
                              N1a1a1a  C16320T                 
                                               
                                N1a1a1a1  A2702G!  C8164T  G9300A            GU290215 EF486519
                                               
                                  N1a1a1a1a  T6641C  T16189C!            GU290209 EF153778
                                               
                                N1a1a1a2  G207A  G8485A  T15299C  T16086C  C16172T!          FJ348184 GU290211
                                               
                                N1a1a1a3  T16154C                GU290216
                                               
                              N1a1a1b  C152T!!  C1711T  C7750T  T8227C  G8573A  G10143A  T10454C  A11884G  A12358G  T16093C  GU290207
                                               
                            N1a1a2  A4721G                    JQ701924 EF486517
                                               
                          N1a1a3  G2758A!                      JQ245794 JQ245789
                                               
                        N1a1b  T250C  A4529t  G8251A  A15924G  G16391A                 
                                               
                          N1a1b1  G143A  T710C  T10790C  A16309G  T16311C!                JQ245735 KF146262
                                               
                          I  T10034C  G16129A!                    JQ245791 KF146252
                                               
                            I1  455.1T  G6734A  G9966A  T16311C!              JQ705840 JQ245776
                                               
                              I1a  A3447G  G8616t  T16172C              KC911435 HM454265
                                               
                                I1a1  G203A  C3990T  G9947A  A9966G!  T10915C!          FJ460562 EF177414
                                               
                                  I1a1a  G9053A              KF146236 JQ705140
                                               
                                    I1a1a1  C15547T            JX152986 KF899911
                                               
                                    I1a1a2  C1342T            HG00369 AY339509
                                               
                                    I1a1a3  G16319A            JQ245749 JQ705378
                                               
                                      I1a1a3a  T4454C          KJ816752 JQ245748
                                               
                                  I1a1b  T14182C              JQ704690 JQ705595
                                               
                                  I1a1c  T6620C              GU123027 JQ702023
                                               
                                  I1a1d  A1836G  T4023C  T13488C  T16189C!        JQ705189 JQ702342
                                               
                                  I1a1e  T13404C              JQ701900 KJ095105
                                               
                              I1b  T6227C                  FJ968796 EF556153
                                               
                              I1c  G8573A  C16264T  G16319A  T16362C            JQ705932
                                               
                                I1c1  T9386C  C16270T              KF146244
                                               
                                  I1c1a  G6267A  A6359G            JQ705364 EU564849
                                               
                              I1d  C8161T  A13614G  A16391G!              KF146245 KF146246
                                               
                              I1e  T6524C  G6755A  A7796G              JX462710 HM156684
                                               
                              I1f  T14971C  A16171G  A16293c              JX153931 KF251094
                                               
                            I2'3  T152C!  G207A                 
                                               
                              I2  A15758G                  EU570217 JQ245744
                                               
                                I2a  A11065G  G16145A              HQ695930
                                               
                                  I2a1  A533G  T3398C            HQ724528
                                               
                                    I2a1a  C5922T            HG00329 AM260588
                                               
                                  I2a2  G9266A              JQ705921 JQ703910
                                               
                                  I2a3  C2835a  A16074G            JX154048 JQ705175
                                               
                                I2b  T6515C  8281-8289d  A16166c            AY339498 AY339499
                                               
                                I2c  T460C  G9438A              JQ705666 JQ702253
                                               
                                I2d  G6480A                JQ245747 JQ705244
                                               
                                I2e  G3591A                JQ703106 JQ702578
                                               
                                I2f  T4418C                GU294854 JX152959
                                               
                              I3  T239C                 
                                               
                                I3a  T16086C                JQ702041 JQ245751
                                               
                                  I3a1  G2849A              JQ704837 HQ420832
                                               
                                I3b  T16491C  C16494T              KC257362 GU590993
                                               
                                I3c  T2628C                JQ703883 KJ021060
                                               
                                I3d  T8260C                JX440338
                                               
                                  I3d1  A183G  C382T  A1900G  T14299C          JQ702647 KC754361
                                               
                            I4  G8519A                    KJ021059
                                               
                              I4a  A10819G                  JQ702369 JQ245737
                                               
                                I4a1  T16304C                EF153786 KF006401
                                               
                                I4a2  C9851T                HG00154 KF254840
                                               
                              I4b  A2308G  G4113A  C13662T              JQ704976 KF146261
                                               
                            I5  A14233G                    JQ245724
                                               
                              I5a  T5074C  C16148T               
                                               
                                I5a1  8281-8289d  A12961G              JQ245807
                                               
                                  I5a1a  G8860A              JQ705096 KF146248
                                               
                                  I5a1b  C204T!  T13602C  T15968C          JQ704713 EF660917
                                               
                                  I5a1c  G6182A              EU597573 KF146247
                                               
                                I5a2  A3615G  A8742G              NA12342
                                               
                                     T16086C              JQ701894
                                                 
                                    I5a2a  G3705A  T5096C  G5773A  C8562T  T15941C      JQ245781 JQ245780
                                               
                                I5a3  C150T  G5231A  T6278C  C9190T  C12073T  A15052G  C16301T      JQ245772 JN415483
                                               
                                I5a4  A574c  T12408a  A15244G  C16192T  C16294T          KF146249 FJ348190
                                               
                              I5b  G709A  C6506T                KF255549
                                               
                                I5b1  C199T!  C459d  T16017C            KF146250 HM852817
                                               
                              I5c  C16169T                  KF644562
                                               
                                I5c1  G1438A  T16075C  C16260T            KF146251 KC787372
                                               
                            I6  T3645C                   
                                               
                              I6a  (G203A)  G3915A  A6116G  A7804G  T15287C  (A16293c)          JQ705382 DQ112955
                                               
                              I6b  C10955T  C16185T                JQ245773 HM852831
                                               
                            I7  C3534T  A4829G  T16324C                KF146253 JF298212
                                               
                      N1a2  T953C  C3783a  C6713T  G7830A  G9947A  T13437C  G16274A  C16301T  T16356C            AY714008
                                               
                    N1a3  A189G  T195C!  G207A  A210G  T8222C  T11025C  T11437C  G11914A!  A13637G  A16265G              KC867103
                                               
                      N1a3a  C16201T                          KC867116 KC867107
                                               
                        N1a3a1  G210A!  C16259T  C16270g  G16319A                  KC867113
                                               
                          N1a3a1a  T152C!  A3672t  G5460A  T7861C                  JX153442 JQ704073
                                               
                        N1a3a2  T5981C  C16111T                      KC867115 KC867114
                                               
                        N1a3a3  T152C!  C204T!  A8308G  C8943T  A12612G  G14560A  T16086C              GU123019 EF660937
                                               
                  N1b  T152C!  G1598A  C2639T  G5471A  G8251A  A8836G  C16176g  G16390A                 
                                               
                    N1b1  C1703T  C3921a  C4960T  C8472T  A12822G  G16145A                   
                                               
                      N1b1a  C9335T  A11362G                        JQ245727 JQ705744
                                               
                        N1b1a1  455.1T  T1703C!  A8084G                    EU742151
                                               
                        N1b1a2  C4904T                        JQ705186 JQ245725
                                               
                          N1b1a2a  C8264T                      JQ705552 HQ315687
                                               
                          N1b1a2b  A3221G  G4820A  T5291C  C8309T                  JQ704068 FJ493516
                                               
                        N1b1a3  T9957C                        JQ245803 HM765456
                                               
                           G16129A!                        EU742150
                                                 
                          N1b1a4  G185A  A188G  T8763C                  HM236190
                                               
                            N1b1a4a  A8261G  C8410T  C16291T                JX153074 EU742149
                                               
                        N1b1a5  T4967C                        GU122992 JQ701805
                                               
                        N1b1a6  C7010T  T8469C                      JQ702718 JQ245756
                                               
                           T195C!                       
                                                 
                          N1b1a7  T1406C                      JF265069 HQ384201
                                               
                          N1b1a8  T16126C                      JQ245742
                                               
                            N1b1a8a  T12297C  T16223C                  FJ460561 JQ702973
                                               
                            N1b1a8b  A13419G                    JX153036 JQ245774
                                               
                      N1b1b  C4735a  A4917G  A11928G  C12092T  C13129T  A13710G  G16176A                KF297809 KF297808
                                               
                        N1b1b1  T14581C                        DQ301794 EU742154
                                               
                    N1b2  A1719G!  C5507a  A12026G  T15784C  A16258c                    JQ245799 JQ245798