- mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree X
Citation: van Oven M, Kayser M. 2009. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Hum Mutat 30(2):E386-E394.
Nucleotide position numbers are consistent with both the rCRS and the RSRS reference sequences.
Mutations are given in forward evolutionary time direction in the format [ancestral base][position number][derived base], e.g. "G15043A".
In case of a transversion, the derived allele is shown in lowercase instead of uppercase, e.g. "C5178a".
Insertions are indicated by the position number preceding the insertion followed by a dot (.), the relative insert position, and the inserted base(s), e.g. "2156.1A".
Deletions are indicated by the letter "d" following the (range of) position number(s) involved, e.g. "A249d" or "8281-8289d".
Mutations that are reversions to an ancestral state (back mutations) are indicated with an exclamation mark (!), two exclamation marks for a double back mutation (!!), etc., e.g. "A15301G!".
Coding-region mutations (np 577-16023) are shown in black; control-region mutations (np 16024-576) in blue.
Mutations between brackets () are recurrent/unstable within the respective clade, or are yet uncertain based on current data.
Mutation motifs in italic are preliminary and are likely to be further refined as additional sequences become available.
The mutations 309.1C(C), 315.1C, AC indels at 515-522, A16182c, A16183c, 16193.1C(C) and C16519T/T16519C were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers provided at the tips of branches are representative examples of mtDNA sequences available at GenBank or from individuals included in HapMap/1000Genomes.
It may be convenient to use the Find function (Ctrl+F) of your browser to search for a particular mutation or haplogroup.
                                          Example accessions
 mt-MRCA (RSRS)                                      
L1'2'3'4'5'6  C146T  C182T  T4312C  T10664C  C10915T  A11914G  G13276A  G16230A                           
  L2'3'4'5'6  C152T  A2758G  C2885T  G7146A  T8468C                               
    L2'3'4'6  C195T  A247G  A825t  T8655C  A10688G  C10810T  G13105A  T13506C  G15301A  A16129G  T16187C  C16189T                 
      L3'4'6  G4104A  A7521G                               
        L3'4  T182C!  T3594C  T7256C  T13650C  T16278C                         
          L3  A769G  A1018G  C16311T                         
            N  G8701A  C9540T  G10398A  C10873T  A15301G!                   
              R  T12705C  T16223C                       
                R0  G73A  A11719G                     
                  HV  T14766C                     
                    H  G2706A  T7028C                 
                      H2  G1438A                 
                        H2a  G4769A               
                          H2a2  G750A             
                            H2a2a  G8860A  G15326A         
                              H2a2a1  G263A          rCRS
              X  T6221C  C6371T  A13966G  T14470C  T16189C!  C16278T!                 
                X1'2'3  A153G                       
                  X1'3  T146C!                     
                    X1  T5302C  A14587G  T15654C  (C16104T)  T16278C!!           
                      X1a  A6359G  C7533T  C8140T              EU600318 EU935456
                      X1c  G7337A  T9615C                HM765467 FJ460521
                    X3  G3531A  C13785T  T13879C  G14560A  T15672C            EF177437
                      X3a  C256T                  JQ245804 EU600320
                  X2  T195C!  G1719A                    GQ200588 JQ245739
                       G225A                    EU600328
                      X2a'j  A12397G                 
                        X2a  A200G  A8913G  T14502C  G16213A         
                          X2a1  G143A  A225G!  T3552C  T16093C          EU439939 FJ168765
                            X2a1a  A6113G  T16357C          FJ168759
                              X2a1a1  G153A!  T204C  C16093T!  G16319A  A16213G!  EU095249 EU095251
                            X2a1b  A8422G            FJ168761 FJ168760
                              X2a1b1  A7299G          FJ168762
                                X2a1b1a  T6680C        FJ168763 EU095242
                            X2a1c  A8842G  C16104T  C16147T        EU095244 FJ168764
                          X2a2  G1415A  T10256C  G14560A  A16254c        KC257359 AY195787
                        X2j  44.1C  T794C  G2120A  G9548A  A15469G  C16179T  T16357C      EU935450
                      X2b'd  G13708A                 
                        X2b  C8393T  G15927A              FJ457949 FJ441666
                             T226C              JX021501 JQ704969
                            X2b1  C8814T  C16248T          EF556159 EF556175
                            X2b2  A4722G  C7400a  A11908G        AF381986
                            X2b3  G8269A  A14818c          DQ523642 DQ112870
                            X2b4  G3705A            JQ701946 JQ343921
                              X2b4a  G8592A          EU600321 GU945542
                                X2b4a1  C5375T        JQ705458 JX153850
                            X2b5  A10532G  C13251T          EU597556 JQ705509
                            X2b6  C4577T  A7570G  G11914A!  G14016A      JQ705179
                              X2b6a  A5427G          JX153405 JQ702893
                            X2b7  T4216C            JQ704754 JQ705082
                            X2b8  G4820A            JQ705154 HG00100
                            X2b9  C9830T            JQ702096 AY339513
                            X2b10  T146C!  A8425G  G15466A        JQ702482
                              X2b10a  C16365T          JX153019 JX153934
                            X2b11  A189G  C8910T          JX153084 JN415482
                               C16192T            HG00108 JQ702995
                              X2b12  A9151G          JQ704859 JQ705550
                              X2b13  C16320T          JX153312 JX153907
                        X2d  G153A!  A225G!  A6791G  T8503C            JQ705795
                          X2d1  T204C  G207A  A5186G  T11878C          JQ702739
                            X2d1a  T6626C  T10084C  T11465C        GQ231312 NA20536
                          X2d2  T15300C              HM625691 JQ701817
                      X2c  A227G  G16255A               
                        X2c1  T8705C                JX153623 KC257285
                          X2c1a  C16108T              JQ702817 FJ348156
                          X2c1b  A8463G  A16300G            HM370114 KC257304
                          X2c1c  A200G              JQ705612
                            X2c1c1  T16209C            JQ703703 JX153379
                          X2c1d  T15313C              JQ705480 EF657737
                          X2c1e  G4541A  C16248T            JQ702633 JX152973
                        X2c2  G15314A                DQ523637 JQ705155
                      X2e  T15310C                 
                        X2e1  C16189a               
                          X2e1a  G9380A              HM852814
                            X2e1a1  C16134T  T16311C!          EF556165 JQ705118
                          X2e1b  A225G!  T16126C            HM852758
                        X2e2  A225G!  C12084T             
                          X2e2a  A3948G              JQ245745 EU600324
                            X2e2a1  A13327G            FJ147306 EF153772
                            X2e2a2  T152C!  G8856A          JQ245787 JQ245779
                          X2e2b  A16265G              AB626609 JQ245775
                            X2e2b1  G7853A  T11875C          JX153926 JQ245752
                          X2e2c  G153A!  G14861A  A16316G         
                            X2e2c1  2232.1A  C8406T  T14025C        KC911480 KC911468
                        X2g  G769A!  C5111T  T9722C  G13368A  G15650A  A15924G        FJ168756
                        X2l  T9899C  C11197T  A15358G            JQ704985 KC911385
                         T16223C                  KC911497
                        X2h  C8467T  A9033G              EU600325 EU600326
                      X2i  C16248T                  JQ245730 HQ529295
                           A225G!                JQ245806
                          X2i1  C16527T              JQ705067 JX153273
                      X2m'n  T226C                 
                        X2m  G143A  G153A!             
                          X2m1  A235G  C16292T            FJ008043 JX153046
                          X2m2  C4059T  C6713T  T8473C  T16217C          JQ705389 JQ705217
                        X2n  C64T  G263A  G4659A  T9903C  C15793T  C16266T        EF660942 JQ705988
                      X2o  A1656d  T9840a  T13656C              JQ245731
                        X2o1  A225G!  C13035a              JQ245770 JX153015
                    X2f  A257G                    KC911478 EU600323
                      X2f1  T2392C  A10398G!  T16311C!              JQ245738 HM852756
                    X2k  C13212T                    JQ704866 JQ701905
                    X2p  C7109T                    KC257312
                      X2p1  G513A  A4093G  A8645G  T9708C  G11778A  C16291T          JX508853 JX508852
                X4  T152C!  T195C!  T6227C  G12406A  C16266T  G16274A  G16390A              HQ456226 JQ245765